Fernando Presencia ha demandado ante el Tribunal Europeo de Derechos Humanos (TEDH) al Estado español por una vulneración del artículo 6.1 del Convenio Europeo (Derecho a un juicio justo por un tribunal imparcial), y 0tra del artículo 13 (derecho a un recurso efectivo).
Según la demanda interpuesta, Presencia considera que no tuvo «un juicio justo por no haber sido atendidas las recusaciones formuladas contra los miembros del Tribunal, dado que la parcialidad de los mismos venía comprometida desde el mismo momento en el que la abstención del presidente de la Sala había sido efectuada con la Sala ya constituida siendo, además, los que archivaron la querella presentada contra el fiscal denunciado por corrupción».
Además, al fiscal denunciado, Angel Demetrio de la Cruz Andrade, incluso se le otorgaron poderes para investigar contra él al comienzo del mismo caso que llevó a su remoción y condena, afirma Presencia.

Los jueces y tribunales españoles desestimaron todas las apelaciones y recursos del magistrado.
Por lo que respecta a una supuesta vulneración de su derecho a un recurso efectivo, Presencia afirma que el tribunal desdeñó sus alegaciones «sobre la incorporación al procedimiento de medios de prueba secretos» y a los que no tuvo acceso.
De la misma forma, presenta pruebas de los diferentes recursos presentados que muchos de ellos fueron desestimados y el incidente de nulidad de actuaciones presentado y el recurso de amparo presentado ante el Tribunal Constitucional, que fue inadmitido por la supuesta falta de agotamiento de la vía judicial.