Opinión | ¿La rectificación de una autoliquidación puede solicitarse más allá del plazo general de cuatro años?

Javier Martín Fernández, catedrático de Derecho Financiero y Tributario, socio director de F&J Martín Abogados y de Ideo Legal, analiza el alcance de la prescripción en la rectificación de autoliquidaciones tras procedimientos de comprobación limitada a la luz del ATS de 13 de mayo de 2026.

29 / 06 / 2026 05:40

A vuela pluma, la respuesta a la interrogante planteada en el encabezamiento de estas letras parece evidente: no, ya que ha prescrito el derecho del contribuyente por el transcurso del plazo de prescripción.

Sin embargo, la respuesta es apresurada, ya que, si se dan determinadas circunstancias, puede ser positiva. Esta es la cuestión es la que se plantea el ATS de 13 de mayo de 2026 (rec. cas. 4962/2025).

En el caso analizado, un contribuyente presenta, en 2016, una autoliquidación del IRPF de 2015. La Administración Tributaria inicia un procedimiento de comprobación limitada con respecto a dicha autoliquidación, notificándole acuerdo de liquidación provisional, que modifica determinados elementos de la obligación tributaria.

Contra dicha liquidación interpone reclamación económico-administrativa ante el Tribunal Económico Administrativo Regional (TEAR), que fue desestimada y, frente a la misma, recurso contencioso-administrativo ante el Tribunal Superior de Justicia (TSJ), que lo estima.

Dos años antes formula solicitud de rectificación de la autoliquidación, en la que solicitaba aplicar la modalidad simplificada a la hora de calcular el rendimiento neto de la actividad económica declarada, ya que el procedimiento de comprobación limitada no había abarcado este elemento.

La Administración acordó desestimar la solicitud, indicando que, en la fecha de presentación, había prescrito el derecho a solicitar devoluciones por el IRPF del ejercicio 2015.

Contra dicha resolución interpuso reclamación económico-administrativa ante el TEAR, que confirmó la tesis administrativa, al igual que el TSJ, siendo el pronunciamiento de este último el objeto del recurso de casación.

Lo que plantea el Supremo

La cuestión que plantea el Tribunal Supremo consiste en determinar, de un lado, si la solicitud de rectificación de una autoliquidación está sometido al régimen de prescripción del artículo 66.c) de la Ley 58/2003, de 17 de diciembre, General Tributaria (LGT), que fija un plazo de cuatro años para solicitar las devoluciones de ingresos indebidos.

De otro, si, por el contrario, los artículos 120.3 de esta última (cuando la autoliquidación ha perjudicado, de cualquier modo, sus intereses legítimos) y 126.2 del Real Decreto 1065/2007, de 27 de julio, por el que se aprueba el Reglamento general de las actuaciones y los procedimientos de gestión e inspección tributaria y de desarrollo de las normas comunes de los procedimientos de aplicación de los tributos [la solicitud solo podrá hacerse una vez presentada la correspondiente autoliquidación y antes de que la Administración tributaria haya practicado la liquidación definitiva o, en su defecto, antes de que haya prescrito el derecho de la Administración tributaria para determinar la deuda tributaria mediante la liquidación (RGAT)], contemplan un régimen específico.

Especialmente, en aquellos casos -como el presente- en que se presente tras haberse seguido por la Administración un procedimiento de comprobación, siendo así que tal solicitud tiene por objeto elementos de la obligación tributaria distintos a los que fueron regularizados en la liquidación provisional practicada.

Tal y como pone de manifiesto el ATS que comentamos, el Alto Tribunal ya ha tenido ocasión de abordar determinadas cuestiones relativas a la prescripción del derecho a solicitar la rectificación de las autoliquidaciones.

Entre otras, en la STS de 4 de febrero de 2021 (rec. cas. 3816/2019), declaró que le es posible al contribuyente solicitar una segunda vez -y obtener respuesta de fondo por parte de la Administración, que es obligada-, la rectificación de la autoliquidación formulada y la devolución de ingresos indebidos derivados de tal acto, en tanto no se consuma el plazo de prescripción del derecho establecido en el artículo 66.c) de la LGT.

Por otra parte, la STS de 22 de julio de 2021 (rec. cas. 1118/2020) consideró que la solicitud de rectificación de la autoliquidación correspondiente a un ejercicio no afectado por la prescripción, que es posible, no permite que el contenido de esa rectificación consista en reconocer, ex novo, bases imponibles negativas, supuestamente generadas en ejercicios prescritos y que no fueron incluidas por el obligado tributario en las autoliquidaciones de esos ejercicios, ya que no puede extendérsele el mismo plazo que la Ley reconoce a la Administración.

Sin embargo, el supuesto planteado más arriba no ha sido objeto de análisis previo por el Tribunal Supremo y, además, la cuestión suscitada presenta interés casacional objetivo para la formación de jurisprudencia, pues está siendo resuelta de forma contradictoria por otros órganos jurisdiccionales.

La STJ impugnada considera que, de acuerdo con el artículo 67 de la LGT, la solicitud de rectificación de una autoliquidación deber presentarse en el plazo de cuatro años desde que finalizó el plazo para su presentación, sin que las actuaciones de gestión o inspección interrumpan el plazo de prescripción cuando la obligación tributaria que el interesado trata de rectificar difiere de la que constituye el objeto de aquellas.

Sin embargo, las SSTSJ de Galicia de 24 de mayo de 2024 (rec. 15425/2023) y de Canarias de 13 de marzo de 2023 (rec. 154/2022), entienden que, junto con el plazo de prescripción de cuatro años previsto por el artículo 66 de la LGT y sus causas de interrupción, hay que estar a lo dispuesto por el artículo 126.2 del RGAT, conforme al cual, será posible presentar la solicitud de rectificación en tanto no haya prescrito el derecho de la Administración tributaria para determinar la deuda mediante la correspondiente liquidación, de modo que las posibles actuaciones de gestión o de inspección iniciadas interrumpirían el plazo de prescripción para presentar la solicitud de rectificación.

Ante esta dicotomía, el ATS considera necesario interpretar correctamente los preceptos mencionados. En nuestra opinión, la tesis procedente es la seguida por las SSTSJ mencionadas en el párrafo anterior, ya que, sostener lo contrario, supone situar en una posición desigual a los contribuyentes que a la Administración Tributaria.

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