Es un órgano unipersonal con jurisdicción en toda España. Se encarga del enjuiciamiento de los delitos competencia de la Audiencia Nacional, castigados con penas de prisión de hasta cinco años.
Según el artículo 88 de la Ley Orgánica del Poder Judicial, en la villa de Madrid podrá haber uno o más Juzgados Centrales de Instrucción. Estos poseen jurisdicción en toda España e instruirán las causas cuyo enjuiciamiento corresponda a la Sala de lo Penal de la Audiencia Nacional o a los Juzgados Centrales de lo Penal.
