La sentencia del Tribunal Supremo sobre incentivos fiscales a la innovación ha dejado una idea tan simple como contundente: dentro de una misma Administración, una cosa puede ser y no ser al mismo tiempo.
El convenio firmado en 2026 entre la Agencia Tributaria y el Ministerio de Ciencia es, en gran medida, la consecuencia de esa advertencia.
Hay frases judiciales que resumen mejor que cualquier tratado el problema jurídico que se está discutiendo.
Eso es exactamente lo que ocurrió en la sentencia del Tribunal Supremo de 8 de octubre de 2024 al analizar la aplicación de las Deducciones de I+D+i del Impuesto sobre Sociedades.
En ella, el Alto Tribunal recordó una idea tan elemental como decisiva: “nada puede ser y no ser al mismo tiempo”.
La frase puede parecer casi filosófica, pero describe una disfunción muy concreta del sistema de deducciones fiscales por I+D+i en España.
Durante años se han producido situaciones en las que un órgano de la Administración del Estado calificaba un proyecto como innovación tecnológica, mientras que otro órgano de esa misma Administración —en el marco de una inspección tributaria— sostenía exactamente lo contrario.
Ese fue, precisamente, el escenario que llegó al Tribunal Supremo.
La empresa había aplicado la deducción por innovación tecnológica apoyándose en informes emitidos por el Ministerio competente en materia científica.
Sin embargo, la Administración tributaria negó posteriormente la deducción basándose en un informe técnico interno elaborado durante la inspección.
El resultado era una evidente contradicción institucional: dos órganos de la misma Administración del Estado sostenían posiciones opuestas sobre la naturaleza de un mismo proyecto.
Ante esta situación, el Tribunal Supremo recordó algo que debería resultar obvio. Si el ordenamiento atribuye a un órgano especializado la competencia para pronunciarse sobre la naturaleza científica o tecnológica de una actividad, no resulta coherente que otro órgano administrativo pueda desconocer ese criterio mediante una valoración propia.
Admitir lo contrario supondría vaciar de contenido el sistema diseñado por el legislador y generar una evidente seguridad jurídica para las empresas que invierten en innovación.
El nuevo convenio y el papel de los informes vinculantes
En este contexto debe leerse la Resolución de 20 de febrero de 2026 que publica el convenio de colaboración entre la Agencia Estatal de Administración Tributaria y el Ministerio de Ciencia, Innovación y Universidades para la evaluación de proyectos de I+D+i a efectos de incentivos fiscales del Impuesto sobre Sociedades.
El acuerdo establece un mecanismo estable que permite a la Administración tributaria solicitar evaluaciones técnicas al Ministerio cuando resulte necesario analizar la aplicación de estos incentivos.
Cuando la cuestión es esencialmente científica o tecnológica, la respuesta debe venir del órgano que posee el conocimiento especializado en esa materia.
El propio convenio reconoce, además, que este marco de colaboración contribuye a reforzar la seguridad jurídica del sistema y a dar cumplimiento a algunas de las exigencias que los tribunales han fijado en su jurisprudencia sobre estos incentivos fiscales.
Ahora bien, de esa misma lógica también parece desprenderse una consecuencia relevante.
Si el objetivo del sistema es garantizar criterios técnicos coherentes dentro de la Administración, resulta razonable pensar que este mecanismo estará llamado a desplegarse principalmente en aquellos casos en los que no exista previamente un informe motivado vinculante.
Y es que los informes motivados vinculantes fueron precisamente concebidos por el legislador como un instrumento de seguridad jurídica: una evaluación técnica emitida por el órgano competente que fija de forma vinculante la calificación científica o tecnológica de un proyecto. Si ese informe ya existe, el sistema debería, en principio, haber cumplido su función.
Interpretar el nuevo convenio en sentido contrario —esto es, como un instrumento que permitiera reabrir o neutralizar valoraciones técnicas ya fijadas mediante informes motivados vinculantes— podría generar una tensión difícil de conciliar con el propio diseño del sistema. Más que reforzar la coordinación administrativa, correría el riesgo de convertirse en un mecanismo capaz de erosionar el carácter vinculante de esos informes.
Dicho de otro modo: el nuevo sistema parece llamado a aportar coherencia en aquellos supuestos donde todavía no existe un criterio técnico previo, no a sustituir o revisar los que el propio legislador ya ha querido dotar de fuerza vinculante.
En el fondo, la cuestión remite nuevamente a la idea expresada por el Tribunal Supremo. Si el sistema quiere garantizar seguridad jurídica, la Administración debe hablar con una sola voz.
El convenio de 2026 pretende precisamente avanzar en esa dirección, institucionalizando un mecanismo de cooperación entre los órganos con competencias técnicas y fiscales.
Sin embargo, como ocurre con muchas reformas institucionales, será la práctica administrativa —y, en su caso, la futura jurisprudencia— la que termine revelando su verdadero alcance.
El tiempo dirá si este nuevo instrumento se consolida como un mecanismo de coordinación y seguridad jurídica o si, por el contrario, abre nuevos interrogantes en la aplicación de uno de los incentivos fiscales más relevantes para la innovación empresarial.
